Primeiro faça a conta do seu domínio no Google Apps.
Quando chegar a parte de configurar as entradas MX, vá para o Seu cPanel e procure: Entrada MX ou Entries MX.
Em Alterar MX, selecione o domínio que você deseja configurar para o Google Apps, coloque a prioridade 1(um) e no campo vazio você coloca ASPMX.L.GOOGLE.COM (sem ou com o ponto no final, dá no mesmo no cPanel).
Após isso, clique em alterar.
Pronto, aguarde pelo menos umas 12 horas e estará configurado corretamente.
É bem simples agora, mas muitas pessoas colocam a prioridade 0(zero), então o google demora 48 horas pra dizer que não funcionou. Já que agora você está esperto nisso, coloque a prioridade como 1(um) e estará tudo certo.
Dica: Após ter tudo configurado, vai ter a opção de você criar um subdomínio para mudar o endereço do seu webmail padrão que será: google.com/a/cpanel/seudominio.com.br
Mas no cpanel, pelo que pesquisei, não tem como você alterar o CNAME do domínio, somente se for uma revenda e tiver um WHM. Sugiro que você crie um subdomínio com redirecionamento para o endereço de webmail padrão que o google vai disponibilizar.
