Primeiro faça a conta do seu domínio no Google Apps.
Quando chegar a parte de configurar as entradas MX, vá para o Seu cPanel e procure: Entrada MX ou Entries MX.
Em Alterar MX, selecione o domínio que você deseja configurar para o Google Apps, coloque a prioridade 1(um) e no campo vazio você coloca ASPMX.L.GOOGLE.COM (sem ou com o ponto no final, dá no mesmo no cPanel).
Após isso, clique em alterar.
Pronto, aguarde pelo menos umas 12 horas e estará configurado corretamente.